اهمیت انتخاب صحیح پروژههای فناوری پیشرفته، اهمیت توسعه پایدار در برنامههای استراتژیک سازمانهای مجری این گونه پروژهها، تاثیر چشمگیر این فناوری در تمامی ابعاد و ارتقا کیفیت زندگی بشری و عدم قطعیت باال در محیط اینگونه پروژهها، دلیل پرداختن به این پژوهش است. با بررسی مبانی نظری و پیشینه تحقیق، اولویتبندی پروژههای فناوری پیشرفته بر اساس شاخصهای سرمایه انسانی، نواوری، دستاورد تجاری طرح، بازدهی اقتصادی، سطح تاثیرگذاری ملی و مزیت رقابتی، کیفیت، سطح تقاضا، قابلیت اطمینان و برنامههای استراتژیک و هزینههای پروژه در نظر گرفته شد. پس از بررسی مدلها و روشهای اولویتبندی و انتخاب ان نوع پروژهها، مدل ساختار ترجیحی بازده به مقیاس متغیر خروجی محور در رویکرد تحلیل پوششی دادهها بهعنوان جامعترین مدل در این زمینه انتخاب شد. با استفاده از فرایند تحلیل سلسله مراتبی فازی مهمترین شاخصها وزن دهی و رتبهبندی شدند. در نتیجه اجرای مدل ساختار ترجیحی بازده به مقیاس متغیر خروجی محور، از بین 82 پروژه ستاد ویژه توسعه فناوری نانو 67/66 ٪از پروژهها اولویتدارترین پروژهها و مناسب سرمایهگذاری تشخیص داده شده و پیشنهاد شدهاند. پروژههای 83 و 03 و 7 به ترتیب اولویت اول تا سوم برای اجرا بودهاند. پروژه در اولویتهای اخر هم میتوانند با توجه به الگو قرار دادن مجموعه مرجع مشخص شده، خود را به اولویتهای اول جهت اجرایی شدن برسانند.