ایران موطن اصلی انار در جهان محسوب می¬گردد و ارقامی با رنگ¬های متنوع در کشور یافت می¬شود که ناشی از وجود رنگدانه انتوسیانین می¬باشد. با وجود این، بررسی¬های چندانی در زمینه تفاوت بین انارهایی با رنگهای متنوع در سطح بیان ژنهای انتوسیانین صورت نگرفته است. در این پژوهش به منظور مقایسه سه رقم انار با رنگ¬های متفاوت، میوه¬های ارقام ملس¬ساوه، نادری و پوست¬سفید از کلکسیون انار دانشکده کشاورزی، دانشگاه شاهد در سه تاریخ¬ مختلف در شهریور و مهر 1399 برداشت و از نظر بیان برخی ژنهای دخیل در مسیر بیوسنتزی انتوسیانین و همچنین خصوصیات رنگی مقایسه شدند. نتایج نشان داد که در زمان برداشت اول تفاوت قابل ملاحظه¬ای بین این سه رقم از نظر شاخص رنگ a* و همچنین مقدار انتوسیانین وجود نداشت، ولی در دو رقم ملس¬ساوه و نادری در زمانهای برداشت دوم و سوم شاخص رنگ a* و همچنین مقدار انتوسیانین میوه¬ها افزایش قابل توجهی نشان داد، در نهایت نیز رقم ملس¬ساوه دارای رنگدانه قرمز بیشتری از رقم نادری بود. در همین حال در رقم پوست¬سفید خصوصیات رنگ تغییر معنی¬داری با گذشت زمان برداشت نشان نداد. نتایج همچنین نشان داد که همبستگی مثبت معنی¬داری بین سطح بیان ژنهای فنیل¬الانین¬امونیالیاز، چالکون¬سنتاز، انتوسیانیدین¬سنتاز و UFGT با رنگ¬گیری میوه انار وجود داشت، منتهی در رقم پوست سفید سطح پایین بیان دو ژن چالکون¬سنتاز و انتوسیانیدین¬سنتاز عامل اصلی عدم رنگ¬گیری در این میوه بود. رقم ملس¬ساوه نیز در مقایسه با رقم نادری دارای سطح بیان ژن UFGT بالاتری بود.