وحدت وجود اساس و بنیان عرفان نظری می باشد که در طول تاریخ تفکر اسلامی محل بحث های فراوانی میان متفکران مسلمان بوده است. خواجوئی از متفکران و متکلمان عصر صفویه و دوران بعد از ملاصدرا است که به نقادی این نظریه پرداخته و انرا از جهات گوناگون به چالش کشانده است. از نظر خواجوئی، به دلیل متباین بودن وجود واجب الوجود با موجودات ممکن، وجود مطلق نبودن واجب الوجود، اقامه نشدن استدلال عقلانی در اثبات وحدت وجود و در نهایت به دلیل نارسائی استدلالهای برخی از عارفان و متصوفان در اثبات وحدت وجود، این نظریه نادرست می باشد. در پژوهش حاضر بیان گردید که انتقادات خواجوئی ناشی از خلط و مغالطه میان معانی مختلف اصطلاحات علوم فلسفه و کلام با عرفان نظری است، هر چند که در برخی موارد مانند اقامه نشدن استدلال عقلانی از سوی عارفان در اثبات وحدت وجود، انتقاد خواجوئی صحیح به نظر می رسد.