انقلاب اسلامی ایران متاثر از عقلانیت اسلامِ شیعی، در پیشبرد اهداف کلان خود، تمدن نوین اسلامی، با چالش‌هایی مواجه است. چالش‌های فکری و به تعبیری «عقلانیت»، بنیادی‌ترین چالش ضد یک نظام فکری است. به نظر می‌رسد عقلانیت سکولار، بنیادی‌ترین چالش پیشروی عقلانیت اسلام تمدن‌گرا، در زمینه و زمانه جمهوری اسلامی است. دراین‌راستا، این نوشتار با کاربست روش کیفی از نوع هرمنوتیک متن‌گرا درصدد پاسخ به این سوال است: «لایه‌های فکری و نمودهای اجتماعی چالش سکولاریسم با اسلام تمدن‌گرا» چیست؟ یافته‌های تحقیق بر این نکته تاکید دارد که ریشه این چالش در مسئله معرفت دینی است. تمایز دوگانه در امر شناخت، منجر به دلالت‌ها و تجویزهای سیاسی- اجتماعی مختلفی در اصول و روند حکمرانی در دوره جمهوری اسلامی گردیده است. امکان یا امتناع علوم انسانی اسلامی، دینی یا عرفی اداره کردن جامعه، تاریخی بودن یا رسالت تمدنی قائل شدن برای انقلاب اسلامی، ذاتی یا عرضی بودن هنجارهای اسلام سیاسی، نظیر استکبارستیزی، از مهم‌ترین نمودهای اجتماعی این چالش است. اقناع فکری و اتقان نظری، لازمه فائق امدن بر چالش سکولاریسم است که در این نوشتار اجمالاً ازنظر اسلام تمدن‌گرا به ان پرداخته شده است.