ریشه‌ی چالش‌های جمهوری اسلامی ایران با امریکا و تمدن غربی در اندیشه متفکرین و استراتژیست‌های غربی عمیق‌تر است. تا جایی که گفته‌ها و مواضع ان‌ها گاه فراتر از مسائل سیاسی تعبیر می‌شود و نوعی مقابله با گفتمان و تمدن اسلامی است. با توجه به اهمیت این مسئله، در مقاله‌ی حاضر تلاش می‌شود با معرفی فرانسیس فوکویاما، متفکر امریکایی، به بررسی نظریات و سخنان وی علیه جمهوری اسلامی ایران پرداخته شود. برای پیشبرد این پژوهش از روش تحلیل مضمون و برای گرداوری داده‌ها از ابزار فیش‌برداری از منابع مختلف استفاده‌شده است. سوال اصلی تحقیق این است که فرانسیس فوکویاما چه مواضعی علیه جمهوری اسلامی ایران دارد و هدف از طرح این مواضع چیست؟ یافته‌های تحقیق موید ان است که ریشه‌های فکری موضع‌گیری فوکویاما در قالب تقابل نرم با جمهوری اسلامی ایران و ناشی از اسلام هراسی است.