امروزه بکارگیری باکتری­های محرک رشد (PGPR)2 یکی از راهکارهای بهبود رشد و ویژگی­های فیتوشیمیایی گیاهان دارویی می­باشد. این تحقیق در مزرعه تحقیقاتی پژوهشکده گیاهان دارویی جهاد دانشگاهی در سال 1395 به‌صورت فاکتوریل و بر پایه طرح اماری بلوک­های کامل تصادفی انجام ­شد. باکتری­های محرک رشد شامل عدم ­تلقیح، سودوموناس، ازتوباکتر، سودوموناس+ ازتوباکتر، تیوباسیلوس+ گوگرد به‌عنوان عامل اول، و کود شیمیایی شامل عدم مصرف کود شیمیایی یا شاهد، 50 درصد و 100 درصد کود شیمیایی توصیه شده به عنوان عامل دوم این ازمایش بودند.الکالوئیدهای گیاه در مرحله گلدهی و با استفاده از حلال­های کلروفرم، متانول و امونیاک استخراج و مقدار اتروپین و اسکوپولامین با استفاده از دستگاه کروماتوگرافی مایع با کارایی بالا (HPLC) اندازه­گیری شد. نتایج نشان داد که کودهای زیستی و شیمیایی و اثر متقابل انها بر صفات رشدی و میزان اتروپین و اسکوپولامین برگ و ریشه تاثیر معنی­داری داشته­اند (p0.01). بیشترین مقدار عملکرد بیولوژیک در تیمار سودوموناس با 100 درصد کود شیمیایی توصیه شده مشاهده شد. بیشترین میزان اتروپین و اسکوپولامین در برگ به‌ترتیب مربوط به تیمارسودوموناس با 50 درصد کود توصیه شده و تیمار عدم استفاده از کود زیستی با 50 درصد کود شیمیایی توصیه شده بود. بیشترین میزان اتروپین ریشه مربوط به تیمار سودوموناس با عدم استفاده از کود شیمیایی توصیه شده بود و بیشترین میزان اسکوپولامین ریشه در تیمار سودوموناس با 100 درصد کود توصیه شده مشاهده شد. بنابراین بیشترین عملکرد بیولوژیک و میزان اتروپین در برگ و ریشه و همچنین میزان اسکوپولامین ریشه در گیاه شابیزک با کاربرد باکتری سودوموناس حاصل شده ­است.