در سالهای اخیر، نگرانی های مربوط به تغییرات اب و هوایی، انتشار گازهای گلخانه ای و حفظ سوخت های فسیلی کشورها را به تمرکز بر انرژی های تجدیدپذیر سوق داده است. به طوریکه، طراحی یک شبکه ی زنجیره تامین سوخت زیستی مناسب در کشورهای در حال توسعه با توجه به ملاحظات زیست محیطی می۔ تواند بسیار حایز اهمیت باشد. در این مقاله، یک مدل ریاضی عدد صحیح مختلط با اهداف کمینه سازی هزینه های کل شبکه و انتشار دی اکسید کربن در فرایند تولید سوخت زیستی به منظور طراحی مناسب شبکه ی زنجیره تامین انرژی زیستی ارایه شده است. در این رابطه، مدل برنامه ریزی ارایه شده، با در نظر گرفتن سایتهای برداشت محصول، نقاط جمع اوری، پالایشگاه ها و مراکز ترکیب، یک مدل چهار سطحی چند دوره ای می باشد که ظرفیت پالایشگاه ها و مراکز جمع اوری نیز حایز اهمیت است. همچنین، به منظور تک هدفه سازی مدل برنامه ریزی ارایه شده از روش محدودیت اپسیلون استفاده شده است. در پایان، با استفاده از یک مثال عددی به بررسی عملکرد و توانایی مدل پیشنهادی می پردازیم.